牧云笙的结局有多个版本。在电视连续剧《九州·海上牧云记》中，牧云笙成为了皇帝，牧云合戈荣获帝位没多久被人刺杀身亡，穆如寒江被放逐在外面。而在小说中，牧云笙放弃了皇位，去找心爱的女人了。他选择在牢狱中居住，不理朝中之事，将所有的事情交给虞心忌打理，并且让他把金珠送到牢房里。在牢房里，牧云笙发现了一块玉，龙锦焕来到牢房，提起了二人在昔日的约定，希望牧云笙能够按照约定帮助魅族开设净土。
电视剧《九州·海上牧云记》的结局是龙锦焕遵守约定带走了牧云笙，还告诉他盼兮会在开满曼陀罗花的地方重生。于是龙锦焕带着牧云笙去找寻这个地方，想要复活盼兮。而寒江得到了穆如族人的原谅，和族人一起登船去往了殇州。