费氏刺尾鱼菌的繁殖方式非常独特。绝大多数微生物都是通过生殖，即一个母细胞长大成两个相同的子细胞。但费氏刺尾鱼菌的繁殖却更像胎生：母细胞的两端各产生一个非常细小的、像孢子般的子细胞，这两个子细胞会在母细胞体内慢慢长大。子细胞长成后，母细胞死亡并消解，将两个子细胞从中释放出来。