通过灌肠排毒时，可以清除肠道内积存的大便，减少毒素的吸收，有利于改善便秘。但是如果长期反复的灌肠排毒去治疗便秘等，是因为反复灌肠后可以引起肠道功能的紊乱，部分人可以诱发腹泻发生，并且可以损伤肛门括约肌的功能，导致肛门失禁等。
同时部分人，如果操作不慎时可以损伤肠道，引起粘膜的出血，甚至诱发肠穿孔等发生。部分灌肠排毒的时候因大便可以污染尿道，可以诱发尿道的感染。