医疗机构基本标准由卫生行政部门制定。因为《医疗机构基本标准（试行）》为医疗机构执业必须达到的最低标准，是卫生行政部门核发《医疗机构执业许可证》的依据。
【法律依据】
《医疗机构基本标准（试行）》
本标准为医疗机构执业必须达到的最低标准，是卫生行政部门核发《医疗机构执业许可证》的依据。
少数地区执行本标准确有困难的，可由省、自治区、直辖市卫生行政部门根据实际情况调整某些指标，作为地方标准，报卫生部核准备案后施行。
尚未列入本标准的医疗机构，可比照同类医疗机构基本标准执行。
民族医医院基本标准由各省、自治区、直辖市卫生行政部门制定。